Το Σύστημα Διαχείρισης ασχολείται με την διαχείριση και τον τρόπο εμφάνισης των modules, τον έλεγχο χρηστών , την  ιχνηλασιμότητα εγγραφών καθώς και με ειδικές λειτουργίες του ERMIS που απευθύνονται σε πολλά modules ταυτόχρονα. 

Ουσιαστικά δίνεται η δυνατότητα στον Administrator του ERMIS να ελέγχει και να μορφοποιεί την εμφάνιση του όλου συστήματος. 
Το Σύστημα Διαχείρισης Στστήματος αποτελείται από τα ακόλουθα modules:

• Διαχείριση Main-Menu
• Προσβάσεις Χρηστών
• Ιχνηλασιμότητα (Traceability)
• Ειδικές Λειτουργίες